学校前身可溯源至1902年三江师范学堂农业博物科和1914年金陵大学农科。1952年全国高校院系调整时，原国立中央大学农学院、金陵大学农学院以及浙江大学的部分农学类系科，合并成立南京农学院;1963年被确定为全国重点大学;1984年更名为南京农业大学;2000年由农业部整建制划转教育部管理。

南京农业大学在211大学里属于中等偏上的水平，全国50强高校之一。首先，该校在全国排名很靠前，是数一数二的农林类大学。

南京农业大学在2021年校友会中国大学排行榜里位列第41名，在2020年软科中国大学排行榜里排在第47名，是排名前50强的211大学。除此之外，学校在2021年校友会农林类大学排行榜里仅次于中国农业大学，是全国排名第二的农林类大学。

南京农业大学不仅是211大学，也是世界一流学科建设高校，还入选了“卓越农林人才教育培养计划”。

其次，该校重视学科及专业建设且取得了不错的成绩。从学校贵宾网官网可以看到，南京农业大学的农业科学、植物与动物科学、环境生态学、生物与生物化学等9个学科进入了全球esi排名前1%，其中农业科学、植物与动物科学等2个学科进入前1‰，跻身世界顶尖学科行列。在最新一轮学科评估里，学校的作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理4个学科获评a ，处于全国顶尖水平。

学校现开设有65个本科专业，其中生物科学、金融学、会计学、草业科学等22个专业入选国家级一流本科专业，应用化学、信息管理与信息系统、英语等8个专业入选省级一流本科专业。